ในช่วงแรกของการก่อตั้งศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจ าจังหวัดพิจิตร เริ่มดำเนินการตั้งแต่ปี พ.ศ. 2544 ทางกรมสามัญได้มอบหมายให้ นายชูศักดิ์ ชูมาลัยวงศ์ ผู้อำนวยการโรงเรียนศึกษาพิเศษพิจิตร ปฏิบัติหน้าที่รักษาการในต าแหน่งหัวหน้าศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจ าจังหวัด ก่อตั้งขึ้นภายในโรงเรียนศึกษาพิเศษพิจิตร

โดยใช้ห้องปกครองของโรงเรียนเป็นสำนักงานชั่วคราว และใช้สื่อ วัสดุ อุปกรณ์ที่มีอยู่ในโรงเรียนให้บริการบำบัดฟื้นฟูแก่เด็กพิการที่มารับบริการ จนถึงวันที่ 1 พฤษภาคม 2545 กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้งให้ นางพวงทอง ศรีวิลัย ดำรงตำแหน่งหัวหน้าศูนย์ 1 ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดพิจิตร จนถึงวันที่ 7 กรกฎาคม 2546 กระทรวงศึกษาธิการ มีการปรับเปลี่ยนตามพระราชบัญญัติ ระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ (ศธ) ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดพิจิตร ขึ้นอยู่สังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ ตำแหน่งผู้บริหารศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจ าจังหวัดพิจิตรเปลี่ยนเป็นผู้อำนวยการสถานศึกษา ตั้งแต่วันที่ 8 กรกฎาคม 2546 เป็นสถานศึกษาไม่สังกัดเขตพื้นที่ ไม่เป็นนิติบุคคล เป็นสถานศึกษาสังกัดส่วนกลางปฏิบัติหน้าที่ส่วนภูมิภาคประจำจังหวัดพิจิตร

         ต่อมาปลายปี พ.ศ. 2546 ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดพิจิตร ได้รับความอนุเคราะห์จากสำนักงานการประถมศึกษา อำเภอเมือง ในการใช้อาคารสำนักงานการประถมศึกษา อำเภอเมือง (เดิม) ถนนศรีมาลา ตำบลในเมือง อำเภอเมืองพิจิตร จังหวัดพิจิตร เป็นสำนักงานชั่วคราวในปี พ.ศ. 2547 ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจ าจังหวัดพิจิตร ขอใช้ที่ดินสาธารณะประโยชน์บริเวณ เขตที่ราชพัสดุหมายเลขทะเบียนที่ พจ.30 (บางส่วน) จ านวน 5 ไร่ 1 งาน 43.4 ตารางวา ถนนพิจิตร – สามง่าม ตำบลในเมือง อำเภอเมือง จังหวัดพิจิตร เพื่อใช้เป็นสถานที่ก่อสร้างอาคารศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดพิจิตร และได้สร้างเป็นอาคารเรียนกึ่งถาวร จำนวน 6 ห้อง โดยใช้เป็นห้องสำนักงาน และห้องฝึกทักษะเด็กพิการ แล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2548 ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจ าจังหวัดพิจิตร จึงเข้าใช้พื้นที่ดังกล่าวจนถึงปัจจุบัน

         ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดพิจิตร ตั้งอยู่ที่ 27/144 ถนนคลองคะเชนทร์ ตำบลในเมือง อำเภอเมือง จังหวัดพิจิตร รหัสไปรษณีย์ 66000 สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ มีเนื้อที่ 5 ไร่ 1 งาน 43.4 ตารางวาโทรศัพท์ 056 - 990413 โทรสาร 056 – 990412 E – mail/ของสถานศึกษา special.phichit@gmail.com เว็บไซต์ ของสถานศึกษา http://www.phesc.go.th มีเขตพื้นที่บริการ จำนวน 12 อำเภอ ได้แก่ ประกอบด้วย อำเภอเมืองพิจิตร อำเภอวังทรายพูน , อำเภอโพธิ์ประทับช้าง , อำเภอตะพานหิน , อำเภอบางมูลนาก , อำเภอโพทะเล อำเภอสามง่าม , อ าเภอทับคล้อ อำเภอสากเหล็ก , อำเภอบึงนาราง , อำเภอดงเจริญ และอำเภอวชิรบารมี

        ปัจจุบันศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดพิจิตร มีการจัดตั้งหน่วยบริการ จำนวน ๑๑ หน่วยบริการ ได้แก่ หน่วยบริการตะพานหิน หน่วยบริการสากเหล็ก หน่วยบริการวังทรายพูน หน่วยบริการทับคล้อ หน่วยบริการโพทะเล หน่วยบริการบางมูลนาก หน่วยบริการดงเจริญ หน่วยบริการบึงนาราง หน่วยบริการโพธิ์ประทับช้าง หน่วยบริการวชิรบารมี หน่วยบริการสามง่าม